Optimisation des méthodes d’intégration multi-omique pour l'étude de la biologie des graines chez Camelina sativa

Elle présente également une grande diversité et plasticité métabolique dans ses graines, en particulier durant les phases de développement, de maturation et de germination. L’intégration multi échelle des données transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques, issues de différents stades de développement et de différents tissus de la graine, permet de mieux comprendre la régulation des voies métaboliques et d’identifier les gènes et voies clés impliqués dans la biosynthèse, la régulation, le transport et la dégradation des métabolites spécialisés des graines.

Cependant, les méthodes d’intégration de données développées jusqu’à présent restent peu adaptées aux plantes. En effet, celles-ci présentent une complexité génomique particulière, comme c’est le cas pour Cameline, liée à la polyploïdie, à la présence de gènes homologues, ainsi qu’à la plasticité de leur métabolisme central et spécialisé. De plus, le manque de bases de données fonctionnelles dédiées aux plantes non modèles limite fortement l’interprétation des résultats.

Ce projet vise à optimiser l’analyse intégrative dans le contexte spécifique de la graine d’une espèce polyploïde, en développant une approche permettant d’intégrer efficacement les connaissances biologiques existantes à des données quantitatives multi-omiques. Ces connaissances, notamment transférées depuis Arabidopsis thaliana, permettront de construire un réseau métabolique fonctionnel à l’échelle du génome.

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