Nos thèses

Thèse de Yohann Quivet (2025 - 2028 , BF2I). Cette thèse propose d'explorer le lien entre les besoins nutritionnels du puceron et les points critiques de son développement parthénogénétique, en nous intéressant particulièrement aux acides aminés et aux lipides

Thèse de Meije Mathé (2023 - Toxalim). Ce projet vise à développer des méthodes permettant de relier des sources de données pour la création et l'exploitation d'un graphe de connaissances dédié à l’étude des perturbations métaboliques impliquées dans l’endométriose, en lien avec l’exposition aux polluants organiques persistants (POPs).

Thèse de Chloé Ladreyt (2025 - 2028, BFP). L’objectif de ce projet est de construire un modèle de type Ressource Balance Analysis (RBA) du fruit, capable de simuler des flux métaboliques et donc prédire des phénotypes d’intérêt agronomique

Thèse d'Adèle Coppel (2025 - 2028, LIPME). Ce projet de thèse vise à mieux comprendre, par des approches de modélisation, le rôle du vent dans la modulation de la réponse immunitaire des plantes, et à identifier les acteurs moléculaires impliqués dans les variations de résistance liées aux phénomènes d’acclimatation et de sensibilisation.

Thèse de Julien Kossi Kowou (2025 - 2028, UMR GABI). Ce projet de thèse se propose de développer des méthodes d’analyse statistique pour explorer la diversité génétique inter-espèces.

Thèse d'Aurélien Besnier (2025 - 2028 , UMR EMMAH). Cette thèse vise à estimer les traits de développement architectural du blé à l’échelle des organes grâce au Phenomobile V2, un rover de phénotypage à haut débit. Elle s’appuie sur une approche innovante combinant intelligence artificielle et modélisation 3D dynamique pour analyser la structure du blé en conditions de terrain.

Thèse de Nadia Bessoltane (IJPB - 2024 - 2026). Ce projet de thèse vise à développer une méthode d’intégration multi-omique adaptée aux plantes polyploïdes, afin de mieux comprendre la régulation métabolique en s’appuyant sur les connaissances d’espèces modèles comme Arabidopsis thaliana.

Thèse de Noémien Maillard (2023 - 2025, UMR GenPhyse). La compréhension des liens entre génotype et phénotype chez les animaux d’élevage est essentielle pour accompagner la transition agroécologique. Ce travail de thèse vise à évaluer des modèles d’apprentissage profond, entraînés chez l'homme ou la souris, pour mieux comprendre le rôle de variants non codants chez les animaux d’élevage.

Thèse de Maxime Multari (2024 - 2026, Institut Sophia AgroBiotech). Ce projet propose de construire un réseau global d'interactions moléculaires chez les plantes, en développant des stratégies d'intégration multi-omiques couplées à une modélisation de l'inférence des réseaux, afin de mieux comprendre la réponse des plantes aux agents pathogèns.

Thèse de Chloé Weckel (PRC, 2024-2026). Dans la continuité du projet exploratoire IMAGO financé par DIGIT-BIO, cette thèse vise à développer de nouveaux formalismes pour décrire les dynamiques spatio-temporelles de la signalisation cellulaire.