Illustration IA en science du vivant 2
Replay séance 6 : Aurélie Mercadié

Replay séance 6 : Intégration de données omiques par NMF pour étudier les altérations de la peau

Pour cette 6ème séance, Aurélie Mercadié, Doctorante CIFRE à l'Unité MIA-T et Pierre Fabre Dermocosmétique nous a présenté ses recherches sur l'Intégration de données omiques par Factorisation Matricielle Non-négative pour étudier les altérations de la peau.

Cet exposé est motivé par un problème fréquent en recherche clinique : des patients, stratifiés en groupes d’intérêt (typiquement sains / malades ou contrôles / traités) sont caractérisés par des mesures biologiques correspondant à plusieurs caractéristiques différentes (métabolomiques, protéomiques, etc).

L’objectif est alors de découvrir des signatures moléculaires multi-omiques caractérisant les groupes. Ces signatures doivent également être interprétables. Pour répondre à ce problème, NMFProfiler, une Factorisation Matricielle Non-négative (NMF) supervisée étendue au cadre multi-tableaux, a été développée. L’utilisation de cette méthode sera illustrée en deuxième partie sur des données de protéomique et de transcriptomique issues de prélèvements de peau de patients dits "sains" et de patients atteints de Dermatite Atopique (DA). 

 

Date de modification : 12 juillet 2024 | Date de création : 12 juillet 2024 | Rédaction : Marjorie Domergue