Analyse comparative de données de génomique 3D
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Analyse comparative de données de génomique 3D

Analyse comparative de données de génomique 3D

Thèse d’Elise Jorge (GenPhyse, 2023-2025). La conformation tridimensionnelle du génome a un impact majeur sur son fonctionnement. La technologie « dite Hi-C » produit des données de séquençage d'ADN qui visent à mesurer cette conformation tridimensionnelle. Ce travail de thèse, à l’interface entre à l’interface en statistique, biologie moléculaire et génomique fonctionnelle, propose de développer une méthode d’analyse différentielle de données Hi-C pour identifier les zones de modification de la structure génomique 3 D.

  • Thèse labellisée
  • Date de démarrage : 01/11/2023
  • Unité d'accueil : GenPhyse
  • Centre INRAE : Occitanie Toulouse
  • Université :  INP Toulouse
  • École doctorale :  SEVAB
  • Discipline / Spécialité : statistique, génomique
  • Directeur de thèse : Sylvain Foissac (bioinformatique & génomique, GenPhySE, département GA)
  • Encadrant(es) : Nathalie Vialaneix (statistique, MIAT, département MathNum)
  • Financement : INRAE
  • Axe du métaprogramme : axe 1 (Décryptage multi-échelle des fonctions du vivant : régulations et intégration) et axe 2 (Prédiction des phénotypes et réponses aux changements de champs de contraintes)

Résumé

La conformation tridimensionnelle du génome a un impact majeur sur son fonctionnement, avec des implications importantes dans le développement fœtal, la différentiation cellulaire ou encore le développement de maladies. La technologie dite Hi-C produit des données de séquençage d'ADN qui visent à mesurer cette conformation tridimensionnelle. Le projet de thèse vise à :

  1. Développer une méthode d’analyse différentielle de données Hi-C, qui permette d’identifier les zones de modification de la structure génomique 3D
  2. Utiliser cette méthode pour caractériser des différences entre tissus ou stades de gestation en utilisant des données Hi-C produites dans le cadre de projets de caractérisation des génomes animaux (projet pilote FR-AgENCODE de l’initiative internationale FAANG, projet H2020 GENE-SWitCH) et de données issues de la publication de Marti-Marimon et al, 2021 (1)). 
Photo de Elise Jorge © INRAE

Contact :

 

(1) Maria Marti-Marimon, Nathalie Vialaneix, Yvette Lahbib Mansais, Matthias Zytnicki, Sylvie Camut, et al.. Major reorganization of chromosome conformation during muscle development in pig. Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.19 P. ⟨10.3389/fgene.2021.748239⟩. ⟨hal-03367056⟩

Date de modification : 30 janvier 2025 | Date de création : 22 janvier 2025 | Rédaction : Marjorie Domergue