Replay séance 6 : Intégration de données omiques par NMF pour étudier les altérations de la peau

Cet exposé est motivé par un problème fréquent en recherche clinique : des patients, stratifiés en groupes d’intérêt (typiquement sains / malades ou contrôles / traités) sont caractérisés par des mesures biologiques correspondant à plusieurs caractéristiques différentes (métabolomiques, protéomiques, etc).

L’objectif est alors de découvrir des signatures moléculaires multi-omiques caractérisant les groupes. Ces signatures doivent également être interprétables. Pour répondre à ce problème, NMFProfiler, une Factorisation Matricielle Non-négative (NMF) supervisée étendue au cadre multi-tableaux, a été développée. L’utilisation de cette méthode sera illustrée en deuxième partie sur des données de protéomique et de transcriptomique issues de prélèvements de peau de patients dits "sains" et de patients atteints de Dermatite Atopique (DA).